Dag 4

Dag 4

Nu har du gjort både PCR och Southern. Syftet med bägge metoderna var att ta reda på om LL 37-genen fanns i plasmiden. Jämför resultatet och diskutera för-och nackdelar med metoderna.

PCR resultaten visade på att insertet innehöll LL37 för provet med 0,5μg klyvd plasmidlösning men inte för 0,005μg klyvd plasmidlösning. Detta gjorde Southern, vilket gör att metoden är känsligare och kan användas för att detektera små mängder. Southern visade att vi hade en del oklyvd plasmid även i proven med de klyvda plasmidproverna och detta kunde vi inte se med PCR men det var kanske inte heller så viktigt då syftet var att bekräfta att vi hade LL37. PCR går fortare än Southern, den sistnämnda innehåller fler moment och erbjuder fler tillfällen för fel. 

Vad tycker du är det viktigaste som du har lärt dig under laborationen?  

Det viktigaste jag har lärt mig är att arbeta med många olika moment samtidigt och att planera laborationen så att jag kan vara så effektiv som möjligt.

Dag 2

Idag har du utfört en PCR.
Hur blev resultatet? Om du tycker att resultatet blev bra; vilka kontroller har du som gör att du kan lita på resultatet? 

Resultatet av elektroforesen blev lyckat, vårt prov överrensstämde med den positiva kontrollen och låg en bit under 603bp enligt markör IX, vilket överrensstämmer med att LL37-genen är 548 bp . Den negativa kontrollen visade att en carry-over kontamination inte skett. Provet innehållande plasmiden visade ett tydligt band med ett mindre tydligt band över det. Detta band kan vara open cirkle DNA, där plasmidens ena sträng har brutits och gör att dessa delar inte vandrar lika långt över gelen.

Är det något du funderar på som du vill att vi tar upp vid genomgången nästa labdag eller vid labuppföljningen?

Jag tycker att det vore bra om vi gick igenom det mesta som ska göras under dagen innan vi börjar laborera för att undvika avbrott.

Dag 1, frågor

Dag 1:
Idag har du renat en rekombinant plasmid från en bakteriesuspension.
Vilka föroreningar har du förhoppningsvis tagit bort?
 Jag har förhoppningsvis tagit bort kromosomalt DNA, RNA, proteiner och celldebris.

Vad vet du om resultatet? Fick du ren plasmid?
Från absorbansvärden vet jag att vi renat bort proteiner men vi kan inte säga om vi enbart har plasmid, provet skulle exempelvis även innehålla kromosomalt DNA.